La Période Préhistoriques :
Monastir a connu les civilisations de l'âge de la pierre. Les fouilles archéologiques dans sa région prouvent l'existence de traces d'activités humaines très anciennes qui remontent à la civilisation Atérienne qui a couvert la fin de l’ère Paléolithique moyenne et le début de l’ère Paléolithique supérieure (de 35000 à 25000 ans av. J-C). Le qualificatif d’Atérien est vraisemblablement relatif à Bir el Ater, localité située en Algérie, proche de la frontière Tunisienne.
A la fin de la période préhistorique, Monastir a connu la civilisation des « Hawanet » ou « Haouanets », appellation venant du mot arabe « hanout », prenant actuellement le sens de boutique, vers 3000-2000 av. J-C et correspondant à des caveaux qui étaient taillés dans les falaises rocheuses pour y habiter et par la suite y enterrer les morts.

Ruspina, ville Phénicienne :
Monastir, du latin « Monastérium » ou du grec « Monastérion », serait l'antique Ruspina, fondée par les phéniciens et plus particulièrement par les Tyriens au 4ème siècle av. J-C. D'origine punique, le nom « Ruspina » signifie le cap ou plus précisément la « presqu' île ». Elle s'étendait sur plus de 8 hectares sur un site stratégique à l'abri des incursions. Ruspina a aidé le héros carthaginois Hannibal dans sa guerre contre les Romains au 3ème siècle av. J-C.

Ruspina, ville Romaine :
Même si Ruspina a connu la présence romaine depuis la chute de Carthage au 2ème siècle av. J.C. (146 av. J-C), il est certain que la civilisation punique, mélange de civilisation berbère et de civilisation phénicienne, a continué d'exister au milieu du 1er siècle av. J-C.
A cette époque, Ruspina avait un statut de ville libre dotée d'un conseil municipal et disposait d'un grand port. C'était à Ruspina que l'empereur Romain Jules César s'était réfugié avec son armée en l’an 46 av. J-C. ; il en mena sa première bataille et sa victoire contre les Pompéiens. Ruspina, en tant que première ville africaine alliée à Jules César, a connu une prospérité rapide et s'était hissée à un rang élevé entre les villes.

 Monastir, ville arabo-musulmane :
La ville de Monastir a été la première ville arabo-musulmane construite en « Ifriqiya » qui correspond à la partie est de l'Afrique du Nord, incluant la Tunisie et une partie de l'Algérie actuelles. Vers l’an 665 ap. J-C (an 45 de l'Hégire), elle est devenue une forteresse extérieure pour garder la capitale Kairouan. C'était Herthouma Ibn El Aïoun, gouverneur du calife Haroun Errachid, qui fonda le Grand Ribat de Monastir en 796 ap. J-C (an 180 de l’Hégire). Le Ribat de Monastir était devenu l'ensemble défensif le plus imposant, grâce à des extensions et des fortifications effectuées entre le 15 et le 18ème siècles. Il était habité par les Mourabitines, volontaires du Ribat.

Le Ribat de Monastir est de nos jours le fort le plus ancien et le mieux conservé du Maghreb. Son Nador, tour du guet, surplombe du haut de ses vingt mètres, la cour du Ribat bordée de trois côtés de cellules en étages. On peut contempler du sommet de ce Nador, la splendide corniche de Monastir.

Le Ribat abrite aujourd’hui, dans son ancien oratoire, un musée d’art islamique où on peut trouver une astrolabe de l’époque, des manuscrits en écriture coufique, des œuvres d’art en céramique ou en verre ainsi que de magnifiques tissus d’antan, témoins de l’Histoire de la ville.

Musée des Arts Islamiques du Ribat de Monastir      

A l'époque Aghlabide (839-909 ap. J-C, 224-269 de l’Hégire), une chaîne de ribats a été édifiée tout le long de la côte. Le Ribat de Monastir est devenu dépendant de celui de Sousse mais il est resté le plus imposant de l'Ifriqiya.
Pendant la dynastie des Fatimides (Oubeydites)(910-1160 ap. J-C , 297-555 de l’Hégire) et ensuite des Sanhajites (à partir de 973 ap. J-C, 362 de l’Hégire), le Ribat de Monastir est devenu une université peuplée par les savants et les étudiants. La ville était devenue un lieu de savoir. Ahmed Ibn El-Jazzar (10ème siècle ap.J-C.), symbole de la médecine de cette époque, venait à Monastir pour l’échange du savoir et le repos en bord de mer.
Au 12 siècle ap. J-C (6ème siècle de l'Hégire), la ville s’est transformée, sous la domination Normande, en un refuge pour les habitants des villes voisines, telle que la capitale Mahdia.

A l’époque Ottomane (1554 à 1705 ap. J-C, 961-1117 de l’Hégire), Monastir remplaça Mahdia comme chef lieu de la région en 1554 suite à la destruction du rempart de cette dernière par les Espagnols. Les faubourgs moyen et distal de Monastir furent entourés par un rempart.
La ville de Monastir devint l'alliée de Hammouda Bey le Mouradite. Dès son accession au pouvoir en 1648 ap. J-C (1058 de l’Hégire), ce dernier ordonna l'agrandissement de la kasbah de la ville d'environ 3000m². La ville allait connaître encore une fois un épanouissement. Les portes de la médina (Bab El Gharbi, Bab Brikcha, Bab Tounès, Bab Kram) remontent au 17ème et au 18ème siècles, celle de Bab Jedid est beaucoup plus récente.
Sous la dynastie Husseinite (1705-1881 ap. J-C, 1117-1298 de l’Hégire), la « région » de Monastir s’étendait jusqu’à Mahdia qu’elle englobait.
La ville a connu par la suite un affaiblissement sanctionnant sa participation à l'insurrection du Sahel en 1864 mais aussi causé par la famine de 1867 et surtout par l’installation du Protectorat français dès 1881.

La politique du protectorat français (1881-1956) avait comme objectif de recréer l'ancienne « Hadrumète » des Romains, ce qui a favorisé la ville de Sousse au détriment de Monastir. La « région » de Monastir a été alors divisée en plusieurs caïdats et la ville de Monastir a fait l’objet d’un isolement économique par l'éloignement de la voie ferrée et la mise en veilleuse progressive de son port. Son rempart interne a été démoli en 1903 et ses boutiques en 1926. La ville de Monastir s’est ainsi trouvée dans une phase de récession économique, sociale et urbaine qui dura prés de trois quarts de siècle.

Après l'indépendance en 1956, la ville a connu une métamorphose sous l’action du Président Habib Bourguiba, natif de la ville. La démolition d'une partie de la médina a entraîné une perte considérable dans l’architecture ancienne et le patrimoine de la ville dont les restes sont encore visibles de nos jours. Elle retrouva toutefois sa vocation de ville du savoir en tant que pôle hospitalo-universitaire du fait de la création des Facultés de médecine, de Médecine dentaire et de Pharmacie et d’une école supérieure des sciences et techniques de la santé. Ces institutions sont en articulation avec un hôpital universitaire (Hôpital Fattouma Bourguiba) et une clinique universitaire dentaire auxquels va très bientôt s’ajouter un Centre hospitalo-universitaire « mère enfant ». La ville est devenue aussi un pôle scientifique et technologique grâce à la Faculté des sciences, l’École des ingénieurs et l’école préparatoire aux études d’ingénieurs ainsi que l’Institut des biotechnologies. Toutes ces institutions universitaires font que Monastir est une ville estudiantine (un cinquième de sa population est constituée par les étudiants).